תחילת המסלול: נחנה את הרכב בחניית השמורה המסודרת ונכנס אל עבר מתחם הכניסה, שם יחכו לנו שולחנות פיקניק, קיוסק ושירותים מסודרים, נוכל לעצור כאן לארוחת בוקר- שימו לב, במהלך המסלול בתוך השמורה אסור לאכול בכלל, לכן מומלץ לאכול כאן. בכניסה למסלול עומד לוח מידע הסוקר לנו בקצרה אודות הצומח והחי בנחל והעופות השונים החיים בקרבתו. הדרך המונגשת לבריכות השכשוך: 1. מיד עם תחילת ההליכה נעקוב אחר השילוט ל''בריכות השכשוך'' אליהן נגיע לאחר כ-10 דקות הליכה סמוכה לצמחיית נחלים עשירה כמו קנה מצוי וסוף מצוי הנמתחים לגובה ברחבי השמורה. בנוסף, נוכל לראות את השבטבט הגדול – צמח ייחודי לשמורת נחל שניר. במתחם בריכות השכשוך פינות חמד מוצלות למנוחה. בבריכות ניתן לשכשך רגליים, להביא לילדים בגדי ים ולתת להם ליהנות. מכאן יש לנו אפשרות לחזור חזרה לחניון במסלול נגיש ובכך להפוך את המסלול למעגלי וקצרצר או שנוכל להמשיך בהליכה בסימון שביל ישראל. 2. הליכה באפיק הנחל: לאחר העצירה בבריכות השכשוך, נמשיך לעבר הנחל, יש להמשיך מערבה ולרדת מדרגות ספורות. כעת לא ניתן יהיה לחמוק מהליכה במים (עד גובה ברך) ודילוגים קטנים מאבן לאבן. היזהרו לא להחליק. נמשיך דרומה עם כיוון הזרימה כאשר מימין לנו החצבאני ומשמאל נפגוש לא מעט פלגי מים המגיעים מנחל הדן. בחלקים מסוימים נצבעים מי הנחל טורקיז. כעבור 15 דקות הליכה תוכלו לצאת משביל ההליכה ולעלות במדרגות שיובילו אתכם חזרה למגרש החניה והחניון. 3. אפיק הנחל 2: אנחנו נבחר להמשיך את המסלול סמוך לנחל ונרד פעם נוספת במדרגות לאפיק הזורם. מכאן יש לנו הליכה של כ- 1.5 ק''מ, בסימון שביל ישראל שיורה לנו את הדרך (כתום, לבן, כחול) ישנם כמה מעברים מאתגרים עם ידיות אחיזה לבטיחותכם. 4. יציאה מהשמורה בסופו של המסלול נתרחק מגדת הנחל לכיוון מזרח ונצא מגבולות השמורה. כאן יש לכם 2 אפשרויות: הראשונה היא להפוך את המסלול למעגלי ולחזור ברגל לכניסה לשמורה, הליכה של כ-20 דקות בשביל עפר הפונה שמאלה מהיציאה של השמורה. ההליכה נוחה אך חשופה לשמש, הקפידו להצטייד במי שתייה וכובע. האפשרות השנייה היא להשאיר רכב בחניון ''גן הצפון'' ולסיים כאן את המסלול. אם בחרתם באפשרות הזאת, עליכם לפנות ימינה וללכת דרומה בשביל האופניים כ-5 דקות, עד שתגיעו לכביש 99 (כדי להגיע לחניון יש לחצות אותו מתחת לגשר שניר).
